La vérification de comptabilité est la forme la plus approfondie du contrôle fiscal des entreprises. Le vérificateur y contrôle les déclarations souscrites au regard de la comptabilité et des documents de l’entreprise, en principe dans ses locaux. Il peut aussi exercer son droit de communication auprès des tiers avec lesquels l’entreprise est en relation.
La procédure suit des étapes précises, encadrées par le Livre des procédures fiscales (LPF) et la charte des droits et obligations du contribuable vérifié. Lorsque les enjeux sont importants, l’assistance d’un avocat est en général utile à chacune d’elles.
En bref
- La vérification commence par l’envoi d’un avis de vérification, qui mentionne la faculté de se faire assister d’un conseil.
- Elle se déroule en principe dans les locaux de l’entreprise et ne peut pas dépasser trois mois pour les petites entreprises, sauf exceptions.
- Elle se conclut par une proposition de rectification ou par un avis d’absence de rectification.
- L’entreprise dispose de trente jours, prorogeables de trente jours sur demande, pour présenter ses observations.
- Des recours existent avant et après la mise en recouvrement : supérieur hiérarchique, interlocuteur départemental, commission, réclamation, tribunal.
Sommaire
- 1. La préparation du contrôle
- 2. L’avis de vérification
- 3. La première intervention sur place
- 4. Le déroulement de la vérification
- 5. La réunion de synthèse
- 6. La proposition de rectification ou l’avis d’absence de rectification
- 7. La réponse de l’entreprise
- 8. La réponse de l’administration et les recours
- 9. La mise en recouvrement
- 10. Le recours devant le juge
- FAQ
1. La préparation du contrôle
Avant d’engager la vérification, le vérificateur rassemble les informations dont dispose l’administration : déclarations fiscales de l’entreprise, informations obtenues auprès de tiers dans le cadre du droit de communication, données reçues d’autres administrations, y compris étrangères. Il pourra ensuite confronter ces éléments à la comptabilité présentée ; les écarts non expliqués peuvent conduire à des rectifications.
2. L’avis de vérification
Avant la première intervention sur place, l’administration doit adresser ou remettre à l’entreprise un avis de vérification. Ce document précise les années ou la période vérifiées et mentionne, à peine de nullité, la faculté de se faire assister par un conseil de son choix (article L47 du LPF). La charte des droits et obligations du contribuable vérifié est remise ou rendue accessible avant le début du contrôle.
L’entreprise doit disposer d’un délai suffisant entre la réception de l’avis et la première intervention pour réunir les documents et choisir un conseil. La loi ne fixe pas ce délai ; le Conseil d’État a admis qu’un délai de deux jours francs pouvait suffire, mais il est en pratique souvent plus long. Le choix du conseil est libre ; l’entreprise peut aussi se défendre seule, mais l’assistance d’un professionnel de la fiscalité, en particulier d’un avocat, est en général précieuse.
3. La première intervention sur place
La première réunion a en général deux objectifs pour le vérificateur :
- obtenir la copie des fichiers des écritures comptables (« FEC »), lorsque la comptabilité est tenue au moyen de systèmes informatisés ;
- recueillir des informations générales sur l’entreprise : activité, actionnaires, filiales, fournisseurs, clients, implantations en France et à l’étranger, organisation.
La vérification se déroule en principe dans les locaux de l’entreprise. À la demande expresse de celle-ci, elle peut se tenir dans les locaux de l’expert-comptable ou de l’administration. Une visite des locaux a généralement lieu en début de contrôle.
4. Le déroulement de la vérification
Le vérificateur examine la comptabilité sur le fond et sur la forme : écritures, pièces justificatives, documents juridiques, procédures comptables, stocks. Il recherche notamment :
- des omissions ou des erreurs déclaratives, de bonne ou de mauvaise foi ;
- des insuffisances ou des défauts de déclaration en matière de TVA ;
- des actes anormaux de gestion ;
- pour les entreprises appartenant à un groupe international, les conditions des opérations réalisées avec des sociétés liées établies à l’étranger (prix de transfert).
Pour les petites entreprises, la vérification sur place ne peut en principe pas excéder trois mois (article L52 du LPF). Pendant toute la vérification, l’entreprise doit pouvoir engager un débat oral et contradictoire avec le vérificateur. Les documents originaux ne peuvent en principe être emportés qu’à la demande écrite de l’entreprise. Le non-respect de ces garanties peut, selon les cas, constituer un vice de procédure.
5. La réunion de synthèse
À l’issue des opérations sur place, le vérificateur présente en général ses conclusions lors d’une réunion de synthèse avec le représentant de l’entreprise, qui peut être accompagné de son conseil. C’est une occasion d’apporter des explications ou des justificatifs complémentaires avant l’envoi de la proposition de rectification.
6. La proposition de rectification ou l’avis d’absence de rectification
Lorsqu’aucune rectification n’est envisagée, l’administration en informe l’entreprise par un avis d’absence de rectification. Les points expressément validés peuvent, dans certaines conditions, lui être opposés ultérieurement.
Dans le cas contraire, l’administration adresse une proposition de rectification, motivée en fait et en droit, qui indique la nature et le montant des rectifications envisagées et rappelle la faculté de se faire assister d’un conseil.
7. La réponse de l’entreprise
À réception de la proposition, l’entreprise dispose de trente jours pour répondre, délai prorogé de trente jours sur simple demande présentée avant son expiration. Elle peut accepter tout ou partie des rectifications, ou les contester en présentant des observations écrites appuyées sur des éléments de preuve. L’absence de réponse dans le délai vaut en principe acceptation tacite. Le détail figure dans l’article sur la réponse à une proposition de rectification.
8. La réponse de l’administration et les recours
L’administration répond aux observations de l’entreprise, de manière motivée lorsqu’elle les rejette ; pour certaines petites et moyennes entreprises, elle dispose de soixante jours pour le faire. En cas de désaccord persistant, l’entreprise peut notamment :
- demander un entretien avec le supérieur hiérarchique du vérificateur, puis avec l’interlocuteur départemental ;
- pour les questions qui en relèvent, principalement des questions de fait, demander la saisine de la commission départementale des impôts directs et des taxes sur le chiffre d’affaires (ou de la commission nationale pour les plus grandes entreprises), présidée par un magistrat et composée de représentants de l’administration et des contribuables.
9. La mise en recouvrement
Les impositions sont ensuite mises en recouvrement. Même si elles sont contestées, elles doivent en principe être payées, sauf si une réclamation est assortie d’une demande de sursis de paiement (des garanties pouvant alors être exigées). À défaut de paiement, l’administration peut engager des mesures de recouvrement forcé, par exemple une saisie administrative à tiers détenteur sur les comptes bancaires.
10. Le recours devant le juge
Après le rejet de sa réclamation, l’entreprise peut, selon les cas et après analyse avec son avocat, saisir le tribunal administratif. Le jugement peut faire l’objet d’un appel devant la cour administrative d’appel, puis d’un pourvoi en cassation devant le Conseil d’État. Le juge peut prononcer la décharge totale ou partielle des impositions, notamment lorsqu’un vice de procédure est établi. Pour une vue d’ensemble, voir la page consacrée au contrôle fiscal.
FAQ
Combien de temps dure une vérification de comptabilité ?
Pour les petites entreprises (chiffre d’affaires ne dépassant pas les limites du régime simplifié d’imposition), la vérification sur place ne peut en principe pas excéder trois mois, sous peine de nullité de l’imposition, sauf exceptions prévues par la loi. Pour les autres entreprises, la loi ne fixe pas de durée maximale.
Où se déroule la vérification de comptabilité ?
En principe dans les locaux de l’entreprise. À la demande expresse de celle-ci, elle peut se dérouler dans les locaux de l’expert-comptable ou de l’administration. L’examen de comptabilité, lui, est mené à distance, à partir des fichiers des écritures comptables.
L’entreprise peut-elle se faire assister ?
Oui : l’avis de vérification doit mentionner, à peine de nullité, la faculté de se faire assister par un conseil de son choix. L’entreprise choisit librement ce conseil, par exemple un avocat, et doit disposer d’un délai suffisant pour le faire avant la première intervention.

